Au cours de cette décennie, l’association renforce ses actions destinées au public demandeur d’asile et réfugiés. Les équipements petite enfance se multiplient.
Au 1er janvier 2003, l’association Alatfa devient Alfa3a « Association pour le Logement, la Formation et l’Animation – Accueillir, Associer, Accompagner » pour adapter ses statuts et sa dénomination à sa nouvelle dimension
Forte de cette nouvelle identité, l’association étend ses actions d’animation de la jeunesse ; deux centres sociaux en Isère, un BIJ et une maison des étudiants à Bourg. L’association est aussi sollicitée pour soutenir des organismes en difficulté et maintenir des actions sociales. Le programme de transformation des foyers en résidences sociales se poursuit et la première maison relais est ouverte dans le Pays de Gex.
Diversification des mesures envers les publics en réinsertion sociale (chantier RIRE : Réussir l’Insertion en Riant Ensemble).